はじめに
RNA-SeqやIso-Seq（ロングリードシーケンサーによるRNA-Seq）により、興味ある候補転写産物を同定した際、5'末端や3'末端が本当にその配列で正しいのか、迷うことがあります。そんなときに役立つのが、SMARTer RACE 5'/3' Kitです。SMART法（注１）を利用して、完全な転写産物の5'末端または3'末端cDNAを取得できるRACEキットです。
（注１）
- SMART法は、テンプレートスイッチングに基づく完全長cDNA合成技術です。SMARTerはSMART法を改良し、より微量RNA・低バックグラウンドに対応した製品群です。
- SMART法を用いたcDNA合成の概要
SMART法は、アダプターライゲーションを行うことなく、1st strand cDNA合成の間にcDNAの両末端に特定の配列を効率よく取り込ませることができる画期的技術です。
SMART法の原理はこちら
目的遺伝子の特異的プライマーをご用意していただくだけで、キット付属の5'/3'-RACE PCR Primer Mix（UPM）＊とのPCR反応より完全長RACE産物を取得することが可能です。
＊SMARTer Oligoに組み込まれているユニバーサル配列をもつLong PrimerとShort Primerの混合物
＊SMARTer Oligoに組み込まれているユニバーサル配列をもつLong PrimerとShort Primerの混合物
本製品は、SMART法を利用して1st strand cDNAを合成し、そのまま5' RACE PCRまたは3' RACE PCRを行います。わずか10 ngのtotal RNAから開始でき、最大11 μlのRNAサンプル液量に対応します。さらに、長鎖やGC rich領域など増幅が難しいターゲットにも対応できます。
新規アイソフォーム確認、非翻訳領域（UTR）や転写開始点（TSS）、3'末端の確認、full-length transcriptの補完、クローン化までつなげやすい点も大きな特長です。キットにはRACE用試薬に加えて、クローニング試薬（In-Fusion Snap Assembly Master Mix）、線状化済みベクター、DNA精製キット（NucleoSpin Gel and PCR Clean-up）、コンピテントセル（Stellar Competent Cells）が含まれており、cDNA合成からRACE産物のクローニングまでスムーズに進められます。
新規アイソフォーム確認、非翻訳領域（UTR）や転写開始点（TSS）、3'末端の確認、full-length transcriptの補完、クローン化までつなげやすい点も大きな特長です。キットにはRACE用試薬に加えて、クローニング試薬（In-Fusion Snap Assembly Master Mix）、線状化済みベクター、DNA精製キット（NucleoSpin Gel and PCR Clean-up）、コンピテントセル（Stellar Competent Cells）が含まれており、cDNA合成からRACE産物のクローニングまでスムーズに進められます。
メリット
- 既知の内部配列を基に、末端配列を直接確認が可能
- 論文化前の裏づけや、転写産物構造の確認に有効
- 完全長ORF解析やfull-length gene cloningに最適
特長
- RNAの前処理は不要
― PolyA RNAまたはtotal RNAが使用可能で、ゲノムDNAが混入している場合でもDNaseによる前処理なしで使用できます。 - アダプターライゲーション不要で、操作がシンプル
― 1st strand cDNAをそのままRACE PCRに使用できます。 - わずか10 ngのtotal RNAから開始でき、少量サンプルにも対応
- 最大11 μlのRNAサンプル液量を使用可能
- 長鎖やGC rich領域など、増幅が難しいターゲットにも対応
― 感度が高く、バックグラウンドが低く、特異性にも優れています。 - cDNA合成からRACE産物のクローニングまでの試薬を含むオールインワンキット
― RACE PCRやクローニングに必要な試薬が含まれており、目的配列に特異的なRACEプライマーを用意するだけで使用できます。
SMARTer RACE 5'/3' Kitの内容量などの紹介
| 製品名 | 製品コード | 容量 |
|---|---|---|
| SMARTer® RACE 5'/3' Kit | 634858 | 10回 |
| SMARTer® RACE 5'/3' Kit | 634859 | 20回 |
| 製品名 | 製品コード | 容量 |
|---|---|---|
| In-Fusion® Snap Assembly Master Mix | 638947 | 10回 |
| SeqAmp™ DNA Polymerase | 638504 | 50回 |
| Stellar™ Competent Cells | 636763 | 100 μl×10 |
| NucleoSpin® Gel and PCR Clean-up | 740609.10 | 10回 |
ueharay
