2021年9月9日 更新

簡単だけど難しい??CRISPR/Casによるゲノム編集成功への近道

CRISPR/Casは非常にシンプルなシステムですが、変異導入がうまくいかない原因として、様々なファクターが考えられます。
sgRNAの配列は変異導入がうまくいくかどうかの重要なファクターの一つですが、反応系構築の際は、いきなりご自身のターゲット配列用にsgRNAを設計して実験を行うのではなく、まずは文献等でノックアウトが起こった実績のあるsgRNA配列を使用して検討することをお勧めいたします。これでターゲット配列に対して変異導入が起これば、CRISPR/Casによるゲノム編集がワークする系が構築できたことになりますし、変異導入が起こらなければ、実験手法に問題がある可能性が非常に高いということになります。
このように、あらかじめゲノム編集がワークする反応系を構築した上で、ご自身が設計したsgRNA配列を使用して実験を行います。そこで、変異導入が起こらなければsgRNA配列に問題があると考えられるため、原因の特定がしやすくなります。
特に、遺伝子のノックインはノックアウトに比べて導入成功率が低い場合が多いため、上記のように段階を踏んだ反応系のチェックを行うことが、ゲノム編集成功への近道となります。

★ ゲノム編集関連製品
・ゲノム編集に必要な製品がまるわかり!
ゲノム編集製品ガイド(2021年8月作成)

・sgRNAの調製から切断効率のチェックまでできるオールインワンキット
Guide-it™ sgRNA In Vitro Transcription Kit(製品コード 632635)

・長い一本鎖ノックインドナー用DNAを簡単に調製できるキット
Guide-it™ Long ssDNA Production System v2(製品コード 632666)

★ よく使われるsgRNAのオンライン設計ツール
・CHOPCHOP:候補となるsgRNAのランキング化。ゲノム配列上の類似配列をリスト化
・CRISPRdirect:標的配列に特異的、かつゲノム上の類似配列が少ない候補のsgRNAをハイライトで表示
・GGGenome:短い配列の相同検索が得意
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